عدد كبير من القضايا والموضوعات الهامة التى يناقشها مجلس كنائس مصر، حيث ينظم العديد من المؤتمرات والمحاضرات واللقاءات والندوات عبر لجانه المختلفة وذلك من أجل تطوير أداء..
يعتبر مجلس كنائس مصر هيئة كنسية وطنية، تتكون من الكنائس المختلفة، ويعمل على حياة الشراكة والتعاون بين الكنائس الأعضاء بكل مذاهبها فى مصر، والسعى نحو وحدتها.